Análisis de secuencias ADN con Python

Aprende a manipular, filtrar y analizar secuencias de ADN usando Biopython. Una cápsula práctica para biólogos que quieren programar.

40 min8 preguntas

Módulo 1: Configuración y fundamentos

En este módulo aprenderás a preparar tu entorno de trabajo y a crear tu primera secuencia de ADN con Biopython.

¿Qué es Biopython?

Biopython es una librería open-source diseñada para trabajar con datos biológicos en Python. Proporciona herramientas para:

  • Manipular secuencias de ADN, ARN y proteínas
  • Leer y escribir archivos en formatos estándar (FASTA, GenBank, etc.)
  • Acceder a bases de datos biológicas
  • Realizar análisis bioinformáticos básicos

Instalación

Terminal
# Crear entorno virtual
python -m venv venv
source venv/bin/activate  # Linux/Mac
# venv\Scripts\activate   # Windows

# Instalar Biopython
pip install biopython

Nota

Usa siempre un entorno virtual para aislar las dependencias de tu proyecto. Esto evita conflictos entre versiones de librerías.

Tu primera secuencia

Python
from Bio.Seq import Seq

# Crear una secuencia de ADN
seq = Seq("ATCGATCG")

print(seq)           # ATCGATCG
print(len(seq))      # 8
print(seq.complement())  # TAGCTAG

Consejo

Seq es la clase fundamental de Biopython para trabajar con secuencias. Acepta strings con nucleótidos (A, T, C, G) o aminoácidos.

Tipos de secuencia

Python
from Bio.Seq import Seq
from Bio.Seq import RNASeq, ProteinSeq

# Secuencia de ADN
dna = Seq("ATCGATCG")

# Secuencia de ARN
rna = Seq("AUCGAUCG")

# Secuencia de proteína
protein = Seq("MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSH")
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